Flûtiste de formation (elle a obtenu son diplôme d'enseignement et sa virtuosité au Conservatoire de Lausanne et son Konzertreife à Zurich), Agnès Schnyder a, parallèlement à ses études, toujours chanté. En 1995, elle entre dans la classe de direction de choeur de Michel Corboz ainis qu'à l'Ensemble Vocal de Lausanne.
Elle fonde en 1997 l'ensemble vocal féminin Volubilis, qu'elle dirige toujours. Outre l'enseignement de la flûte traversière, l'Ensemble Cantatio, dirigé par John Duxbury qu'elle rejoint en 2003, la direction de choeur et de nombreux concerts de musique de chambre, elle prépare actuellement un master à la HEM de Genève en traverso dans la classe de Serge Saïtta.