Judith Freise a étudié le violon à Hannovre, Bâle et Francfort. Après l’obtention de ses diplômes elle s’est consacrée intensivement à l’intérêt qu’elle portait de longue date au violon baroque. Elle a alors étudié avec Ryo Terakado à Bruxelles et a cofondé en 1989 l’ensemble La Fantasia, qui avec son poste de premier violon solo du Barockorcheser Frankfurt constituent ses deux activités principales.
Elle joue régulièrement avec le Freiburger Barockorchester, l’Akademie für Alte Musik Berlin ou le Parlement de Musique. Elle a participé avec ces ensembles à de nombreux enregistrements et enseigne le violon baroque et la musique de chambre à Francfort.