Emmanuel Balssa a été premier prix de violoncelle du CNR de Lyon avant de se consacrer au violoncelle baroque et à la viole de gambe à La Haye et Bruxelles dans les classes de Richte Van der Meer et de Wieland Kuijken.
Il se produit régulièrement en tant que continuiste au sein des Arts Florissants, de La Petite Bande, ou du Ricercar Consort, et a participé avec ces ensembles à de nombreux enregistrements discographiques. Il se consacre à la musique de chambre au sein de son propre ensemble, Les Conversations, ainsi qu'avec des personnalités telles que Rousset, Lesne, Schoonderwoerd, ou Cocset. Il enseigne le violoncelle baroque et la viole de gambe à Paris et à Nantes.