Bart Coen a obtenu ses Diplômes Supérieurs de flûte à bec et de musique de chambre au Conservatoire de sa ville natale, Anvers. Depuis lors, il se produit en soliste avec Jacobs, Van Nevel (Huelgas), Kuijken, Herreweghe, Van Immerseel ou le Anwerps Blokfluit Consort.
Ses tournées l'emmènent dans les deux Amériques, au Japon, et dans la plupart des pays européens. Il participe à de nombreux enregistrements pour la télévision et le disque et est professeur de flûte à bec au Conservatoire Royal de Bruxelles ainsi qu'à l'Institut Lemmens de Louvain.