Diplômé de flûte et de traverso, musicologue et étudiant en droit, c'est stimulé par son professeur Barthold Kuijken que Patrick Beuckels opte pour une carrière musicale.
Il collabore avec les spécialistes du baroque, Savall, Minkowski, Lesne, Banchini, Brüggen, Fischer, Leonhardt, Kuijken, van Immerseel, Bylsma, mais c'est sa longue et fructueuse collaboration avec Philippe Herreweghe qui nous donne ses plus mémorables interventions: les solos des cantates, des passions, de la Messe en si de J.S. Bach, ou celui de la Messe en do de Mozart. Ses enregistrements en soliste ont fait l'unanimité auprès de la critique et il enseigne aujourd'hui au Conservatoire Royal de Gand.