Après des études de flûte traversière, de musicologie et d'histoire de l'art, Jan De Winne se lance dans l'étude du traverso avec Barthold Kuijken à Bruxelles. Il est premier lauréat en 1987 du concours de Bruges et se lance dans une carrière où il collaborera fréquemment avec Il Fondamento et l'Amsterdam Baroque Orchestra de Ton Koopman, mais surtout avec les Ensembles de Philippe Herreweghe, La Chapelle Royale et l'Orchestre des Champs-Elysées.
Par ailleurs facteur de flûte, enseignant son instrument aux conservatoires de Bruxelles et Paris, il poursuit en soliste et au sein de son propre ensemble, Il Gardellino une carrière remarquable et jalonnée de nombreux succès discographiques.